Приветствую Вас на своем блоге! Перекодировать видео в Linux можно из командной строки с помощью программы mencoder. Что в принципе очень удобно. Достаточно сохранить где нибудь себе эти команды, чтобы не держать их в памяти и просто подставлять в них нужные значения.